Polski
Test BRCA 1/2™
Profilaktyka i wczesne wykrywanie raka piersi
Co to jest Test BRCA 1/2?™?
Test BRCA1 i BRCA2™ to genetyczne badanie przesiewowe wykonywane z wykorzystaniem techniki sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Jego celem jest wykrycie mutacji w sekwencji kodującej obu genów BRCA. Test pozwala na określenie, czy u danej osoby występuje podwyższone ryzyko zachorowania na raka piersi i/lub raka jajnika związane z nosicielstwem określonych mutacji w genach BRCA.
Test prowadzi się w dwóch etapach:j:
- Sekwencjonowanie techniką NGS umożliwia kompletną analizę obu genów w celu stwierdzenia, czy w danej próbce występują zmiany punktowe w ich sekwencji.
- Określony zostaje efekt molekularny i biologiczny stwierdzonych u pacjenta wariantów. Pacjent otrzymuje również dane na temat znaczenia klinicznegowykrytych zmian. Dla ustalenia tych informacji wykorzystywane są dostępne dane literaturowe oraz informacje zebrane w bazach danych takich jak: HGMD Professional, NCBI ClinVar, dbSNP, Exome Variant Server, 1000 Genomes Project , BIC. W przypadku nie opisanych zmian ich patogenność określana jest z wykorzystaniem algorytmów do predykcji bioinformatycznej m.in. Mutation Taster, SIFT, PolyPhen-2, Mutation Assesor i innych.
Dlaczego warto wykonać Test BRCA 1/2?™?
Wykrycie mutacji u jednego członka rodziny może sugerować wystąpienie zwiększonego ryzyka u innych krewnych. Informacja zawarta w wyniku może mieć duże znaczenie dla zdrowia przyszłych pokoleń.
- Osoby, które dziedziczą mutacje w genie BRCA 1/2 mogą przekazać zmiany swoim synom i córkom. Każde dziecko ma 50% szans na odziedziczenie mutacji od rodzica, który jest jej nosicielem.
- Jeżeli dana osoba wie, że odziedziczyła szkodliwą mutację w genie BRCA1 lub BRCA2 oznacza to, że u każdego z jej braci i sióstr istnieje 50% prawdopodobieństwo nosicielstwa tej samej zmiany.
NGS (Next Generation Seqiencing) To obecnie najnowocześniejsza dostępna na świecie metoda diagnostyczna, która zapewnia wyjątkowo dokładny, wiarygodny i kompleksowy wynik. Jej zastosowanie umożliwia identyfikację najdrobniejszych zmian w genomie ludzkim.
BRCA1 i BRCA2 to geny związane ze zwiększoną predyspozycją do zachorowania na nowotwory złośliwe w szczególności raka piersi i jajnika. Należą one do grupy tak zwanych genów opiekuńczych (ang. caretakers), których białkowe produkty zaangażowane są w utrzymywanie stabilności genomowej. Białka BRCA uruchamiają mechanizmy naprawcze w odpowiedzi na uszkodzenie DNA. Mutacje w tych genach powodują, że proces naprawy nie przebiega prawidłowo powodując akumulacje błędów w kolejnych genach, co zwiększa ryzyko nowotworu.
Pierwszy w Polsce
Test BRCA 1/2 z wykorzystaniem
NGS (Next Generation Seqiencing)
Laboratorium Genetyczne INVICTA: listopad 2015 r.
Rysunek 1. Wykazano silny związek nosicielstwa mutacji w genie BRCA1 ze zwiększonym ryzykiem rozwoju raka piersi i jajnika. Sięga ono odpowiednio 60% - 85% w przypadku raka piersi i 40% - 60% w odniesieniu do raka jajnika.
Obecność mutacji w genie BRCA1 związana jest ze wczesnym zachorowaniem tzn. przed 40 r.ż., zwiększonym ryzykiem wystąpienia obustronnego raka piersi oraz podwyższonym ryzykiem rozwoju nowotworów w innej lokalizacji np. trzustce czy jelicie grubym.
Rysunek 2. Wykazano silny związek nosicielstwa mutacji w genie BRCA2 ze zwiększonym ryzykiem rozwoju raka piersi ii/lub jajnika. Sięga ono odpowiednio 40% - 80% w przypadku raka piersi i 11% - 27% w odniesieniu do raka jajnika.
Ponadto obecność mutacji w genie BRCA2 wiąże się z podwyższonym ryzykiem rozwoju innych nowotworów jak rak prostaty oraz sutka u mężczyzn.
Do tej pory w bazie HGMD Profesional opisano:
Ponad:
Ponad:
mutacji w genie BRCA1
mutacji w genie BRCA2
Mutacje te rozproszone są wzdłuż całej sekwencji kodującej genów, a większość z nich to mutacje powodujące powstanie skróconego, niefunkcjonalnego białka.
Tabela 1. Oferta badań
| Wyszczególnienie | BRCA1 | BRCA2 |
|---|---|---|
| Metoda | NGS | NGS |
| Odczyt | 200x | 200x |
| Materiał biologiczny | Ślina | Ślina |
| Czas oczekiwania na wynik | 8 tygodni | 8 tygodni |
| Lokalizacja na chromosomie | 17 | 13 |
| CCDS_ID | CCDS11456.2 | CCDS9344.1 |
| Całkowity rozmiar rejonu kodującego [pz] | 5632 | 10231 |
| Liczba rejonów kodujących (eksonów) | 23 | 26 |
| Liczba rejonów kodujących > 300 pz | 2 | 5 |
Kto powinien wykonać Test BRCA 1/2?
Wskazaniem do wykonania badania jest każde obciążenie w rodzinie, które sugeruje obecność mutacji w genie BRCA1 lub BRCA2 np.:
- Rak piersi zdiagnozowany przed 50 rokiem życia
- Rak jajnika
- Obustronny rak piersi
- Zachorowania synchroniczne (np. w tym samym czasie w gruczole piersiowym stwierdzono dwa niezależne ogniska raka) lub metachroniczne (np. ta sama osoba zachorowała na raka błony śluzowej trzonu macicy, a następnie na raka piersi).
- Przypadki raka piersi u mężczyzn
Co dalej?
W przypadku stwierdzenia zmiany genetycznej, zalecane są następujące działania:
- konsultacja genetyczna
- Dalsze kroki diagnostyczne i terapeutyczne
- Zabezpieczenie (zamrożenie) komórek rozrodczych
- Diagnostyka preimplantacyjna w przypadku chęci posiadania potomstwa
Laboratorium Genetyczne INVICTA zapewnia:
- Specjalistyczny Zestaw Pobraniowy - materiałem do analizy jest ślina
- Bezpłatny transport
- Dostęp do wyników online
Proces współpracy
Ograniczenia
Badanie pozwala na analizę całej sekwencji kodującej genów BRCA1 i BRCA2, wraz z przylegającymi sekwencjami intronowymi, nie mniej niż pięć nukleotydów. Jakość dostarczonej próbki może mieć wpływ na skuteczność sekwencjonowania poszczególnych rejonów. W przypadku nie uzyskania pokrycia wskazanego obszaru z użyciem sekwencjonowania NGS, laboratorium podejmie próbę uzupełnienia brakujących fragmentów metodą Sangera. Zakres badanej sekwencji podany zostanie na wyniku badania. Gwarantowana w badaniu głębokość sekwencjonowania pozwala ma wykrycie wariantów germinalnych. Badanie nie zostało zwalidowane w kierunku wykrywania wariantów somatycznych. Sekwencjonowanie nie jest skuteczne lub wynik sekwencjonowania może być obarczony niską wiarygodnością w przypadku następujących sytuacji (lista nie wyczerpuje wszystkich możliwych sytuacji): mutacje dynamiczne, duże rearanżacje, zmienna liczba kopii (CNV), disomia jednorodzicielska, zmiany epigenetyczne, mozaicyzm.
Literatura
- 1. Arindam Paul, Soumen Paul. The breast cancer susceptibility genes (BRCA) in breast and ovarian cancers. Front Biosci (Landmark Ed) 2014 Jan, 1(19): 605–618.
- 2. Karami F, Mehdipour P. A comprehensive focus on global spectrum of BRCA1 and BRCA2 mutations in breast cancer. Biomed Res Int. 2013 Nov, (7): 1-21.
- 3. Trainer AH, Lewis CR, Tucker K, Meiser B, Friedlander M, Ward RL. The role of BRCA mutation testing in determining breast cancer therapy. Nat Rev Clin Oncol. 2010 Dec, 7(12):708-17.
- 4. Murphy CG, Moynahan ME. BRCA gene structure and function in tumor suppression: a repair-centric perspective. Cancer J. 2010, Jan- Feb;16(1):39-47.
- 5. D’Argenio V, Esposito MV, Telese A, Precone V, Starnone F, Nunziato M, Cantiello P, Iorio M, Evangelista E, D’Aiuto M, Calabrese A, Frisso G, D’Aiuto G, Salvatore F. The molecular analysis of BRCA1 and BRCA2: Next-generation sequencing supersedes conventional approaches. Clin Chim Acta. 2015, Jun 15(446):221-5.
- 6. Engel C, Fischer C. Breast cancer risks and risk prediction models. Breast Care (Basel). 2015 Feb, 10(1):7-12.
- 7. Lynch HT, Snyder C, Casey MJ. Hereditary ovarian and breast cancer: what have we learned? Ann Oncol. 2013 Nov, 24(8):83-95.
- 8. Bogdanova N, Dörk T. Molecular genetics of breast and ovarian cancer: recent advances and clinical implications. Balkan J Med Genet. 2012 Dec, 15(1):75-80.